Browsing by Author "Marquet, P. A. (Pablo A.)"

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    30% land conservation and climate action reduces tropical extinction risk by more than 50%
    (2020) Hannah, L.; Roehrdanz, P. R.; Marquet, P. A. (Pablo A.); Enquist, B. J.; Midgley, G.; Foden, W.; Lovett, J. C.; Corlett, R. T.; Corcoran, D.; Fajardo Nolla, Javier; Butchart, S. H. M.; Boyle, B.; Feng, X.; Maitner, B.; McGill, B. J.; Merow, C.; Morueta Holme, N.; Newman, E. A.; Park, D. S.; Raes, N.; Svenning, J. C.
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    A Continuum of Specialists and Generalists in Empirical Communities
    (2015) Poisot, T.; Marquet, P. A. (Pablo A.)
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    A metabolic view of amphibian local community structure: the role of activation energy
    (2018) Canavero, Andrés; Arim, Matías; Pérez, Fernanda; Jaksic Andrade, Fabián; Marquet, P. A. (Pablo A.)
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    A Model for Species Distributions Along a Gradient: Lizards As Study Systems
    (1996) Carothers, J.; Jaksic Andrade, Fabián; Marquet, P. A. (Pablo A.)
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    A network analysis of plant-pollinator interactions in temperate rain forests of Chiloe, Island, Chile
    (2009) Ramos Jiliberto, Rodrigo; Smith-Ramírez, Cecilia.; Arim I., Matías.; Armesto, Juan J.; Marquet, P. A. (Pablo A.)
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    A Source-Sink Patch Occupancy Metapopulation Model
    (1997) Marquet, P. A. (Pablo A.)
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    Altitudinal Zonation Among Lizards of the Genus Liolaemus: Questions Answered and Unanswered Questions
    (2001) Carothers, J.; Jaksic Andrade, Fabián; Marquet, P. A. (Pablo A.)
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    Approaching a state shift in Earth's biosphere
    (2012) Barnosky, A.; Marquet, P. A. (Pablo A.)
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    Assessing the Causes Behind the Late Quaternary Extinction of Horses in South America Using Species Distribution Models
    (2019) Villavicencio Figueroa, Natalia Andrea; Corcoran, D.; Marquet, P. A. (Pablo A.)
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    Assessing the performance of the existing and proposed network of marine protected areas to conserve marine biodiversity in Chile
    (2009) Tognelli, Marcelo Fabio.; Fernández, Miriam; Marquet, P. A. (Pablo A.)
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    Bacterial community structure in a sympagic habitat expanding with global warming: brackish ice brine at 85-90 degrees N
    (2019) Fernández Gómez, Beatriz; Díez, Beatriz; Polz, Martin F.; Arroyo González, José Ignacio; Alfaro, Fernando D.; Marchandon, Germán; Sanhueza, Cynthia; Farías, Laura; Trefault Carrillo, Nicole Natalie; Marquet, P. A. (Pablo A.); Molina Montenegro, Marco A.; Sylvander, Peter; Snoeijs-Leijonmalm, Pauline
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    Biocultural homogenization in Urban settings: Public knowledge of birds in city parks of Santiago, Chile
    (2017) Celis Diez, Juan Luis; Muñoz, C.; Abades T., Sebastián R.; Marquet, P. A. (Pablo A.); Armesto, Juan J.
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    Biogenic habitat creation affects biomass-diversity relationships in plant communities
    (2009) Badano, Ernesto Iván; Marquet, P. A. (Pablo A.)
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    Body mass of late quaternary mammals
    (2002) Smith Fa; Marquet, P. A. (Pablo A.)
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    Body Size, Population Density, and the Energetic Equivalence Rule
    (1995) Marquet, P. A. (Pablo A.); Navarrete C., Sergio; Castilla, Juan Carlos
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    Can environmental impact assessments alone conserve freshwater fish biota? Review of the Chilean experience
    (2017) Lacy, S.; Meza, Francisco Javier; Marquet, P. A. (Pablo A.)
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    Can we infer plant facilitation from remote sensing? a test across global drylands
    (2015) Xu, Chi; Holmgren, Milena; Van Nes, Egbert H.; Maestre, Fernando T.; Soliveres, Santiago; Berdugo, Miguel; Kéfi, Sonia; Marquet, P. A. (Pablo A.); Abades T., Sebastián R.; Scheffer, Marten
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    Cancer, an ecological manifesto of metazoan life : the multi-scale ecology of complex cancer ecosystems.
    (2020) Castillo, Simón P.; Marquet, P. A. (Pablo A.); Pontificia Universidad Católica de Chile. Facultad de Ciencias Biológicas
    Mas allá de ser una enfermedad exclusiva de los genes, el cáncer exhibe una estrecha relación con el ambiente biofísico, lo que lo constituye como un fenómeno ecológico. Esta tesis se enfoca en el estudio del cáncer bajo aproximaciones teóricas, analíticas, y experimentales bajo una mirada ecológica; aplicada desde la emergencia del cáncer (oncogénesis) hasta la migración de propágulos metastáticos entre órganos. En el primer capítulo, trabajamos en una conceptualización de la oncogénesis como un cambio en el fenotipo celular en respuesta al envejecimiento del organismo. Proponemos que en respuesta a los cambios en el ambiente celular que ocurren durante el envejecimiento no se mantiene el contexto bajo el cual se mantiene la multicelularidad traduciéndose en un cambio fenotípico celular que se aproxima a condiciones atávicas ‘unicelulares’ de disgregación estructural y funcional. Discutimos acerca de las nociones de individualidad, co-determinación individuo-ambiente y la enacción. El envejecimiento participa en la determinación de los rasgos de historia de vida celulares; y por lo tanto, las interacciones entre distintos tipos celulares. En el segundo capítulo abordamos la complejidad de interacciones competitivas entre estrategias celulares, cancerosas y no-cancerosas, y el ambiente físico. Desarrollamos un modelo analítico a partir de observaciones de competencia en un modelo in vitro (línea HEY-GFP de cáncer de ovario y línea MET5A de mesotelio de ovario) en condiciones de cultivo asociadas al envejecimiento del tejido ovárico (Matrigel con concentración variable de colágeno I). Nuestros modelos proponen que mecanismos competitivos jerárquicos influenciados por el envejecimiento modularían las ventajas competitivas de las células no-cancerosas; permitiendo que en tales ambientes la estrategia cancerosa logre invadir el ecosistema residente. En el tercer capítulo, abordamos la dimensión espacial el fenómeno a partir del estudio de la estructura espacial de los ecosistemas de cáncer mamario (ER+DCIS) bajo terapia endocrina neoadyuvante anti-proliferativa (ensayo clínico fase III POETIC, UK). Utilizando algoritmos supervisados de machine learning identificamos de forma automatizada células individuales en muestras de tumor con tinción inmunohistoquímica Ki67 (marcador de proliferación). Identificamos zonas de mayor concentración celular (hotspots) y proyectamos las células en tales hotspots como nodos de una red espacialmente explícita. La detección y cuantificación de la comunidad espacialmente estructurada y fragmentada de células cancerosas y del sistema inmune junto con la expresión de Ki67, permite predecir con mayor poder la respuesta patológica a terapia anti-proliferativa. Además de operar como articulador de patrones espaciales, la diversidad de historias de vida celular, en interacción con las condiciones locales del ambiente celular, modulan la probabilidad de que células tumorales puedan invadir otros órganos. En el último capítulo, basados en registros recopilados de literatura, cuantificamosla invasibilidad y la variabilidad en invasividad de canceres metastásicos y analizamos el patrón emergente de tal variabilidad. A través del análisis de la metástasis como una red entre órganos fuente y receptores, un gradiente de invasividad e invasibilidad subyace el patrón macroscópico que resulta ser modular, anidado y libre de escala. Discutimos algunos mecanismos relacionados al gradiente de invasibilidad y la invasividad dando cuenta de la estructura global de la red. El trabajo desarrollado en esta tesis evidencia que el pensamiento ecológico y su aplicabilidad está más allá del paradigma ecológico tradicional, y que, por lo tanto, una visión multiescala del cáncer inspirado por relaciones entrelazadas en la naturaleza, podría dar luces de los mecanismos que subyacen la evolución del cáncer en el contexto del programa de organización multicelular, con las implicancias ecológicas, evolutivas y clínicas que ello contiene.Mas allá de ser una enfermedad exclusiva de los genes, el cáncer exhibe una estrecha relación con el ambiente biofísico, lo que lo constituye como un fenómeno ecológico. Esta tesis se enfoca en el estudio del cáncer bajo aproximaciones teóricas, analíticas, y experimentales bajo una mirada ecológica; aplicada desde la emergencia del cáncer (oncogénesis) hasta la migración de propágulos metastáticos entre órganos. En el primer capítulo, trabajamos en una conceptualización de la oncogénesis como un cambio en el fenotipo celular en respuesta al envejecimiento del organismo. Proponemos que en respuesta a los cambios en el ambiente celular que ocurren durante el envejecimiento no se mantiene el contexto bajo el cual se mantiene la multicelularidad traduciéndose en un cambio fenotípico celular que se aproxima a condiciones atávicas ‘unicelulares’ de disgregación estructural y funcional. Discutimos acerca de las nociones de individualidad, co-determinación individuo-ambiente y la enacción. El envejecimiento participa en la determinación de los rasgos de historia de vida celulares; y por lo tanto, las interacciones entre distintos tipos celulares. En el segundo capítulo abordamos la complejidad de interacciones competitivas entre estrategias celulares, cancerosas y no-cancerosas, y el ambiente físico. Desarrollamos un modelo analítico a partir de observaciones de competencia en un modelo in vitro (línea HEY-GFP de cáncer de ovario y línea MET5A de mesotelio de ovario) en condiciones de cultivo asociadas al envejecimiento del tejido ovárico (Matrigel con concentración variable de colágeno I). Nuestros modelos proponen que mecanismos competitivos jerárquicos influenciados por el envejecimiento modularían las ventajas competitivas de las células no-cancerosas; permitiendo que en tales ambientes la estrategia cancerosa logre invadir el ecosistema residente. En el tercer capítulo, abordamos la dimensión espacial el fenómeno a partir del estudio de la estructura espacial de los ecosistemas de cáncer mamario (ER+DCIS) bajo terapia endocrina neoadyuvante anti-proliferativa (ensayo clínico fase III POETIC, UK). Utilizando algoritmos supervisados de machine learning identificamos de forma automatizada células individuales en muestras de tumor con tinción inmunohistoquímica Ki67 (marcador de proliferación). Identificamos zonas de mayor concentración celular (hotspots) y proyectamos las células en tales hotspots como nodos de una red espacialmente explícita. La detección y cuantificación de la comunidad espacialmente estructurada y fragmentada de células cancerosas y del sistema inmune junto con la expresión de Ki67, permite predecir con mayor poder la respuesta patológica a terapia anti-proliferativa. Además de operar como articulador de patrones espaciales, la diversidad de historias de vida celular, en interacción con las condiciones locales del ambiente celular, modulan la probabilidad de que células tumorales puedan invadir otros órganos. En el último capítulo, basados en registros recopilados de literatura, cuantificamosla invasibilidad y la variabilidad en invasividad de canceres metastásicos y analizamos el patrón emergente de tal variabilidad. A través del análisis de la metástasis como una red entre órganos fuente y receptores, un gradiente de invasividad e invasibilidad subyace el patrón macroscópico que resulta ser modular, anidado y libre de escala. Discutimos algunos mecanismos relacionados al gradiente de invasibilidad y la invasividad dando cuenta de la estructura global de la red. El trabajo desarrollado en esta tesis evidencia que el pensamiento ecológico y su aplicabilidad está más allá del paradigma ecológico tradicional, y que, por lo tanto, una visión multiescala del cáncer inspirado por relaciones entrelazadas en la naturaleza, podría dar luces de los mecanismos que subyacen la evolución del cáncer en el contexto del programa de organización multicelular, con las implicancias ecológicas, evolutivas y clínicas que ello contiene.Mas allá de ser una enfermedad exclusiva de los genes, el cáncer exhibe una estrecha relación con el ambiente biofísico, lo que lo constituye como un fenómeno ecológico. Esta tesis se enfoca en el estudio del cáncer bajo aproximaciones teóricas, analíticas, y experimentales bajo una mirada ecológica; aplicada desde la emergencia del cáncer (oncogénesis) hasta la migración de propágulos metastáticos entre órganos. En el primer capítulo, trabajamos en una conceptualización de la oncogénesis como un cambio en el fenotipo celular en respuesta al envejecimiento del organismo. Proponemos que en respuesta a los cambios en el ambiente celular que ocurren durante el envejecimiento no se mantiene el contexto bajo el cual se mantiene la multicelularidad traduciéndose en un cambio fenotípico celular que se aproxima a condiciones atávicas ‘unicelulares’ de disgregación estructural y funcional. Discutimos acerca de las nociones de individualidad, co-determinación individuo-ambiente y la enacción. El envejecimiento participa en la determinación de los rasgos de historia de vida celulares; y por lo tanto, las interacciones entre distintos tipos celulares. En el segundo capítulo abordamos la complejidad de interacciones competitivas entre estrategias celulares, cancerosas y no-cancerosas, y el ambiente físico. Desarrollamos un modelo analítico a partir de observaciones de competencia en un modelo in vitro (línea HEY-GFP de cáncer de ovario y línea MET5A de mesotelio de ovario) en condiciones de cultivo asociadas al envejecimiento del tejido ovárico (Matrigel con concentración variable de colágeno I). Nuestros modelos proponen que mecanismos competitivos jerárquicos influenciados por el envejecimiento modularían las ventajas competitivas de las células no-cancerosas; permitiendo que en tales ambientes la estrategia cancerosa logre invadir el ecosistema residente. En el tercer capítulo, abordamos la dimensión espacial el fenómeno a partir del estudio de la estructura espacial de los ecosistemas de cáncer mamario (ER+DCIS) bajo terapia endocrina neoadyuvante anti-proliferativa (ensayo clínico fase III POETIC, UK). Utilizando algoritmos supervisados de machine learning identificamos de forma automatizada células individuales en muestras de tumor con tinción inmunohistoquímica Ki67 (marcador de proliferación). Identificamos zonas de mayor concentración celular (hotspots) y proyectamos las células en tales hotspots como nodos de una red espacialmente explícita. La detección y cuantificación de la comunidad espacialmente estructurada y fragmentada de células cancerosas y del sistema inmune junto con la expresión de Ki67, permite predecir con mayor poder la respuesta patológica a terapia anti-proliferativa. Además de operar como articulador de patrones espaciales, la diversidad de historias de vida celular, en interacción con las condiciones locales del ambiente celular, modulan la probabilidad de que células tumorales puedan invadir otros órganos. En el último capítulo, basados en registros recopilados de literatura, cuantificamosla invasibilidad y la variabilidad en invasividad de canceres metastásicos y analizamos el patrón emergente de tal variabilidad. A través del análisis de la metástasis como una red entre órganos fuente y receptores, un gradiente de invasividad e invasibilidad subyace el patrón macroscópico que resulta ser modular, anidado y libre de escala. Discutimos algunos mecanismos relacionados al gradiente de invasibilidad y la invasividad dando cuenta de la estructura global de la red. El trabajo desarrollado en esta tesis evidencia que el pensamiento ecológico y su aplicabilidad está más allá del paradigma ecológico tradicional, y que, por lo tanto, una visión multiescala del cáncer inspirado por relaciones entrelazadas en la naturaleza, podría dar luces de los mecanismos que subyacen la evolución del cáncer en el contexto del programa de organización multicelular, con las implicancias ecológicas, evolutivas y clínicas que ello contiene.
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    Causes and consequences of nitrogen limited chronosequences : evidence from the Andean dry puna.
    (2014) Alfaro Ayllón, Fernando Daniel; Marquet, P. A. (Pablo A.); Pontificia Universidad Católica de Chile. Facultad de Ciencias Biológicas
    Se ha establecido que en ambientes mésicos el cambio en el contenido de nutrientes durante el desarrollo a largo plazo de los suelos determina los cambios en procesos ecosistémicos tales como la productividad primaria y el reciclaje de nutrientes, así como en la composición y diversidad de plantas y microorganismos del suelo. Por lo tanto, suelos jóvenes limitados por Nitrógeno (N) están dominados por plantas de crecimiento rápido y rápida descomposición, y en estados tardíos de desarrollo el Fósforo (P) se vuelve limitante y las especies cambian a estrés-tolerantes, de crecimiento lento y bajas tasas de descomposición. Sin embargo, estudios recientes en ambientes áridos muestran que la limitación por N domina los procesos ecosistémicos, por lo que la trayectoria de desarrollo de los suelos podría ser significativamente distinta a lo observado en regiones mésicas. En este trabajo se evaluaron las causas y consecuencias del desarrollo de los suelos en ambiente áridos limitados por N y su efecto sobre las comunidades de plantas y microorganismos del suelo a lo largo de tres cronosecuencias de c. 20,000 años con suelos derivados a partir de diferente material parental en la Puna seca de los Andes centrales de Bolivia. Los resultados confirman que el N es limitante a lo largo del gradiente de edad, mientras que el P se mantuvo sin cambios, este patrón se mantuvo independientemente del origen geológico de los suelos de las cronosecuencias.El incremento en la razón N:P durante el desarrollo de los suelos determinó los incrementos en la riqueza de especies, la descomposición y la translocación de nutrientes en plantas que se observaron en las tres cronosecuencias. Las comunidades de bacterias y hongos del suelo mostraron patrones contrastantes; la abundancia de bacterias incrementó con la edad de los suelos, pero la abundancia de hongos declinó a lo largo del desarrollo de los suelos, lo que sugiere un cambio en la dominancia microbiana en relación con el cambio en la disponibilidad de nutrientes a lo largo del gradiente de edad de los suelos. En conjunto estos resultados indican que a diferencia de los ambientes mésicos, en ambientes limitados permanentemente por el agua, la limitación por N retarda el desarrollo de los suelos, y de los componentes bióticos sobre y debajo del suelo, manteniendo así a los ecosistemas en un estado de “juventud” permanente.