Genome-scale metabolic modeling of the human milk oligosaccaharide utilization metabolims by bifidobacterium longum subsp. infantis
| dc.contributor.advisor | Garrido Cortés, Daniel | |
| dc.contributor.author | Román Lagos, Loreto Andrea | |
| dc.contributor.other | Pontificia Universidad Católica de Chile. Escuela de Ingeniería | |
| dc.date.accessioned | 2021-10-29T18:41:36Z | |
| dc.date.available | 2021-10-29T18:41:36Z | |
| dc.date.issued | 2021 | |
| dc.description | Tesis (Master of Science in Engineering)--Pontificia Universidad Católica de Chile, 2021 | |
| dc.description.abstract | Los modelos metabólicos a escala genómica (GSMMs por su sigla en inglés) son representaciones matemáticas de la estequiometría de las reacciones metabólicas, desarrollados para simular condiciones de crecimiento e interacciones. Bifidobacterium longum subsp. infantis es una de las especies mas representativas del intestino infantil, asociada a una buena salud en el recién nacido y reconocida como una bacteria beneficiosa. Este organismo depende de su actividad sacarolítica para obtener fuentes de carbono, y es considerado un organismo modelo de utilización de oligosacáridos de leche humana (HMOs por su sigla en inglés). HMOs son moléculas diversas incluyendo lactosa, lacto-N-tetraosa (LNT), lacto-N-neotetraosa (LNnT), 2-fucosil lactosa (2FL), 3- fucosil lactosa (3FL) y 6-sialil lactosa (6SL). Los detalles moleculares respecto a la utilización de HMO son bien entendidos. Sin embargo, las vías metabólicas expresadas para el uso de cada carbohidrato y sus consecuencias metabólicas no han sido del todo abordadas. En este estudio, reconstruimos el metabolismo de este microorganismo utilizando la anotación de B. infantis ATCC 15967 desde AGORA, además se realizó una revisión de los genomas anotados y la literatura actual. La reconstrucción (iLR554) cuenta con 554 genes, 1078 reacciones (747 reacciones asociadas a genes) y 933 metabolitos. La curación fue hecha usando información de RNA-seq para cerrar los gaps del modelo. Los datos de transcriptómica fueron luego integrados en la simulación extrayendo modelos específicos para fuentes de carbono mediante el algoritmo GIMME. iLR554 fue capaz de evidenciar varias diferencias en el metabolismo de HMOs dependiendo de las características funcionales de los compuestos. La producción de metabolitos importantes como lactato y acetato fue común a todos los sustratos. Sin embargo, nuestro modelo predijo pequeñas producciones de succinato, formiato y etanol. Si bien los datos de RNA-seq fueron útiles, se observó una baja correlación entre los flujos metabólicos y datos transcripcionales. Este trabajo es una plataforma útil para simular el metabolismo de una bacteria prominente en el intestino infantil, y diseñar simbióticos comerciales o consorcios bacterianos que contengan especies del género Bifidobacterium. | |
| dc.format.extent | x, 71 páginas | |
| dc.fuente.origen | Autoarchivo | |
| dc.identifier.doi | 10.7764/tesisUC/ING/62905 | |
| dc.identifier.uri | https://doi.org/10.7764/tesisUC/ING/62905 | |
| dc.identifier.uri | https://repositorio.uc.cl/handle/11534/62905 | |
| dc.information.autoruc | Escuela de Ingeniería ; Garrido Cortés, Daniel ; 0000-0002-4982-134X ; 226814 | |
| dc.information.autoruc | Escuela de Ingeniería ; Román Lagos, Loreto Andrea ; S/I ; 211413 | |
| dc.language.iso | en | |
| dc.nota.acceso | Contenido completo | |
| dc.rights | acceso abierto | |
| dc.subject.ddc | 572.565 | |
| dc.subject.dewey | Biología | es_ES |
| dc.subject.other | Oligosacaridos | es_ES |
| dc.subject.other | Microbioma gastrointestinal | es_ES |
| dc.subject.other | Sistema gastrointestinal - Microbiología | es_ES |
| dc.title | Genome-scale metabolic modeling of the human milk oligosaccaharide utilization metabolims by bifidobacterium longum subsp. infantis | es_ES |
| dc.type | tesis de maestría | |
| sipa.codpersvinculados | 226814 | |
| sipa.codpersvinculados | 211413 |