Detección del SARS-CoV-2 mediante RT-qPCR utilizando saliva en pacientesambulatorios con estudio de COVID-19

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dc.contributor.authorPerret Perez, Cecilia
dc.contributor.authorAbarca Villaseca, Katia
dc.contributor.authorSolari Gajardo, Sandra
dc.contributor.authorAguilera, Pablo
dc.contributor.authorGarcia-huidobro Munita, Diego Nicolas
dc.contributor.authorOlivares, Felipe
dc.contributor.authorPalma, Carlos
dc.contributor.authorContreras, Ana María
dc.contributor.authorMartinez Valdebenito, Constanza Pamela
dc.contributor.authorFerrés, Marcela
dc.date.accessioned2024-06-05T17:42:02Z
dc.date.available2024-06-05T17:42:02Z
dc.date.issued2022
dc.descriptionThe COVID-19 pandemic has affected millions of people around the world. Part of control strategies is testing a large proportion of the population to identify and isolate the infected sub-jects. Aim: To evaluate the SARS-CoV-2 detection by the performance of a reverse transcription and quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) against SARS-CoV-2, using saliva as a matrix compared to a nasopharyngeal swab (NPS) to simplify obtaining a diagnostic sample. Methods: Adults in outpatient care were recruited, 95% of them symptomatic. We studied 530 paired saliva and NPS samples by SARS-CoV-2 RT-qPCR. Results: Fifty-nine individuals tested positive in NPS and 54 in saliva samples. Sensitivity for saliva sample was 91%, specificity 100%, positive predictive value (PPV) 100%, negative predictive value (NPV) 98%. The Kappa index was 0.95 and LR-0.08. On average, the cycle threshold (CT) of saliva was 3.99 points higher than those of NPS (p < 0.0001) showing that viral load (VL) is lower in saliva than in NPS. Viral load in both decreased over the time after onset of symptoms. Saliva sampling was preferred by subjects instead of NPS. Conclusion: This study demonstrates that SARS-CoV-2 RT-qPCR using saliva, even with lower VL, is suitable for the diagnosis of COVID-19 in outpatient adults, especially at early stage of symptoms.
dc.description.abstractLa pandemia de COVID-19 ha afectado a millonesde personas en todo el mundo. La identificación de sujetos infectadosha sido importante para el control. Objetivo: Evaluar el rendimiento deuna reacción de polimerasa en cadena (RPC) cuantitativa en tiemporeal (en inglés: RT-qPCR) para SARS-CoV-2, utilizando saliva comomatriz en comparación con un hisopado nasofaríngeo (HNF). Metodología: Se reclutaron adultos en atención ambulatoria, la mayoría sintomáticos. Fueron estudiadas 530 muestras pareadas de saliva e HNF con RT-qPCR. Resultados: Fueron positivas 59 muestras de HNF y 54 de saliva. La sensibilidad con saliva fue 91%, especificidad 100%, el valor predictor positivo (VPP) 100%, valor predictor negativo (VPN) 98%. El índice Kappa fue de 0,95 y LR-0,08. En promedio, el umbral de ciclo (en inglés cycle threshold-CT) de la saliva fue 3,99 puntos más alto que los de HNF (p < 0,0001) mostrando que la carga viral (CV) es menor en saliva. La carga viral en ambas disminuyó con el tiempo después del inicio de los síntomas. El muestreo de saliva fue preferido por los sujetos en lugar de HNF. Conclusión: Este estudio demuestra que la RPC para SARS-CoV-2 utilizando saliva, es adecuada para el diagnóstico de COVID-19 en adultos ambulatorios,especialmente en la etapa temprana de los síntomas.
dc.fechaingreso.objetodigital2024-06-04
dc.format.extent10 páginas
dc.identifier.doi10.4067/s0716-10182022000400372
dc.identifier.issn0716-1018
dc.identifier.scieloidS0716-10182022000400372
dc.identifier.scopusidSCOPUS_ID:85142609135
dc.identifier.urihttps://doi.org/10.4067/s0716-10182022000400372
dc.identifier.urihttps://repositorio.uc.cl/handle/11534/86466
dc.identifier.wosidWOS:000922074400002
dc.information.autorucEscuela de Medicina; Perret Perez, Cecilia; 0000-0002-1535-1204; 80387
dc.information.autorucEscuela de Medicina; Abarca Villaseca, Katia; 0000-0003-0404-3887; 70281
dc.information.autorucEscuela de Medicina; Solari Gajardo, Sandra; 0000-0002-3185-4717; 1871
dc.information.autorucEscuela de Medicina; Garcia-huidobro Munita, Diego Nicolas; 0000-0003-1964-7640; 16671
dc.information.autorucEscuela de Medicina; Martinez Valdebenito, Constanza Pamela; orcid.org/0000-0002-2836-9817; 1007539
dc.issue.numero4
dc.language.isoes
dc.lugar.publicacioncontenido completo
dc.pagina.final381
dc.pagina.inicio372
dc.relation.ispartofRevista Chilena de Infectologia
dc.revistaRevista Chilena de Infectologia
dc.rightsacceso abierto
dc.rights.licenseCC BY-NC 4.0 DEED Attribution-NonCommercial 4.0 International
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/deed.en
dc.subjectCOVID-19 nucleic acid testing
dc.subjectCOVID-19 testing
dc.subjectNasopharyngeal swab
dc.subjectSaliva
dc.subjectSARS-CoV-2 cycle threshold
dc.subjectSARS-CoV-2 RT-PCR
dc.subjectSARS-CoV-2 viral load
dc.subjectCOVID-19
dc.subjectDiagnóstico
dc.subjectSARS-CoV-2
dc.subjectRT-PCR
dc.subjectHisopado nasofaríngeo
dc.subjectCarga viral de SARS-CoV-2
dc.subjectUmbral de ciclo de SARS-CoV-2
dc.subject.ddc610
dc.subject.deweyMedicina y saludes_ES
dc.subject.ods03 Good health and well-being
dc.subject.odspa03 Salud y bienestar
dc.titleDetección del SARS-CoV-2 mediante RT-qPCR utilizando saliva en pacientesambulatorios con estudio de COVID-19
dc.title.alternativeSARS-CoV-2 detection by RT-qPCR using saliva in outpatients tested for COVID-19
dc.typeartículo
dc.volumen39
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sipa.trazabilidadSCOPUS;02-03-2023
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