Derivando relaciones evolutivas entre las proteínas de cubierta de membrana mediante comparaciones estructurales
| dc.contributor.advisor | Melo Ledermann, Francisco Javier | |
| dc.contributor.author | Gutiérrez Espinosa, Fernando Ignacio | |
| dc.contributor.other | Pontificia Universidad Católica de Chile. Facultad de Ciencias Biológicas | |
| dc.date.accessioned | 2021-11-03T21:15:55Z | |
| dc.date.available | 2021-11-03T21:15:55Z | |
| dc.date.issued | 2021 | |
| dc.description | Tesis (Doctor en Ciencias Biológicas con mención en Genética Molecular y Microbiología)--Pontificia Universidad Católica de Chile, 2021 | |
| dc.description.abstract | Las proteínas de cubierta de membranas (MC) cumplen un rol esencial en el transporte intracelular, permitiendo el intercambio de materiales entre los compartimientos especializados dentro de las células eucariotas. Las proteínas MC poseen una combinación única de dominios β-propeller/α-solenoide que les otorga la capacidad de deformar membranas. Su arquitectura y las señales de secuencia señalan que estas proteínas probablemente evolucionaron a partir de un ancestro común, pero la gran divergencia estructural lleva a sugerir que estas proteínas han cambiado considerablemente durante la evolución. Esto constituye un reto sobre todo para determinar relaciones evolutivas usando las herramientas disponibles basadas en comparación de secuencias y estructuras producto de la extrema divergencia observada entre estas proteínas. Actualmente no existe un claro consenso acerca de los diferentes tipos de arquitectura que existen entre las proteínas de cubierta de membranas y, en el estado del arte, solamente se han generado árboles filogenéticos cualitativos según las relaciones parciales encontradas entre sus miembros sin considerar comparaciones estructurales a gran escala de manera exhaustiva. Por ello, en el desarrollo de esta tesis se creó una nueva herramienta computacional para la comparación flexible de estructura de proteínas llamada MOMA2, que permite evaluar las similitudes estructurales entre proteínas muy divergentes mediante matrices de elementos de estructuras secundarias que nos permiten capturar la topología de las proteínas. Este programa ha sido diseñado para capturar las similitudes estructurales entre proteínas distantes mediante comparaciones estructurales flexibles, permitiéndonos clasificarlas según sus dominios y visualizar también el desplazamiento de cuerpo rígido de los sub-fragmentos encontrados equivalentes. Por ende, hemos utilizado esta herramienta para generar un nuevo esquema de clasificación de las proteínas de cubierta de membrana basado en la similitud estructural de sus dominios, permitiéndonos a la vez, construir árboles filogenéticos basados en comparaciones estructurales que confirman las relaciones conocidas, además permiten extender aquellas relaciones ya existentes y finalmente descubrir nuevas relaciones entre sus miembros. Por último, esta herramienta ha permitido reformular un modelo parsimonioso considerando las posibles combinaciones de dominios que pudieron dar origen a los diferentes arreglos de dominios que están presentes en las proteínas MC. En síntesis, el desarrollo de esta nueva herramienta nos ha permitido específicamente plantear los posibles pasos que dieron origen a las proteínas de cubierta de membrana a partir de las comparaciones de estructurales a pesar de la extrema divergencia que poseen estas proteínas. Por otro lado, desde una visión más general, esta herramienta nos abre nuevas posibilidades para explorar relaciones que aún permanecen ocultas debido a la extrema divergencia que poseen sus secuencias, pero que aún conservan sus similitudes estructurales. | |
| dc.format.extent | 258 páginas | |
| dc.fuente.origen | Autoarchivo | |
| dc.identifier.doi | 10.7764/tesisUC/BIO/62917 | |
| dc.identifier.uri | https://doi.org/10.7764/tesisUC/BIO/62917 | |
| dc.identifier.uri | https://repositorio.uc.cl/handle/11534/62917 | |
| dc.information.autoruc | Facultad de Ciencias Biológicas ; Melo Ledermann, Francisco Javier ; 0000-0002-0424-5991 ; 82342 | |
| dc.information.autoruc | Facultad de Ciencias Biológicas ; Gutiérrez Espinosa, Fernando Ignacio ; S/I ; 250113 | |
| dc.language.iso | es | |
| dc.nota.acceso | Contenido completo | |
| dc.rights | acceso abierto | |
| dc.subject.ddc | 572.69 | |
| dc.subject.dewey | Biología | es_ES |
| dc.subject.other | Proteínas de la membrana | es_ES |
| dc.subject.other | Proteínas - Estructura | es_ES |
| dc.title | Derivando relaciones evolutivas entre las proteínas de cubierta de membrana mediante comparaciones estructurales | es_ES |
| dc.type | tesis doctoral | |
| sipa.codpersvinculados | 82342 | |
| sipa.codpersvinculados | 250113 |