Aplicación de método convencional y PCR de punto final para la detección de aislados chilenos de Xanthomonas campestris pv. campestris
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Date
2022
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Abstract
La "mancha angular" causada por la bacteria Xantomonas campestris pv. campestris (Xcc) es la principal enfermedad, que afecta a los cultivos de la familia de brásicas y presenta una distribución mundial. Esta bacteria posee un ciclo de vida corto, de fácil dispersión y difícil control de la enfermedad que ocasiona. En Chile, un sector importante del mercado agrícola depende de la producción de semillas de las especies de esta familia, tanto que el valor de sus exportaciones suma un total de 77,1 millones de dólares FOB. Este estudio tiene como objetivo identificar la presencia de Xcc en muestras tomadas de 5 regiones distintas del país y posterior comparación entre dos métodos de identificación, contrastando métodos microbiológicos tradicionales y análisis moleculares. Se tomaron muestras de 34 localidades de hojas con síntomas, malezas relacionadas al cultivo y suelo, de las cuales se obtuvo un cultivo y aislamiento primario obteniendo una colección de 196 aislados. Fueron registradas características morfológicas de las colonias en medio YDC, considerándose como candidatas a Xcc, las colonias amarillas de aspecto mucoide. Por otra parte, también se utilizó la reacción PCR del gen patovar específico hrpF para identificar los aislados Xcc. Los resultados de ambos métodos fueron contrastados obteniendo una predicción positiva mayor por muestra a través del método convencional. Sin embargo, se concluyó que ambos métodos se complementan para realizar un diagnóstico eficiente, donde el método convencional sirve como un primer filtro para la gran diversidad de bacterias obtenidas del cultivo inicial, a pesar de no ser especifico como el PCR.
Description
Tesis (Magíster en Fisiología y Producción Vegetal)--Pontificia Universidad Católica de Chile, 2022
Keywords
Brassicas, Specific PCR primers, YDC medium, hrpF gene, Xanthomonas description, Diagnostic test validity, Classical microbiology, Molecular analysis