Browsing by Author "Serebrinsky Duek, Kineret Rivka"

Now showing 1 - 2 of 2
  • Thumbnail Image
    Item
    Diseño de un circuito génico para la expresión de sfGFP y GM-CSF reprimida por butirato
    (2023) Serebrinsky Duek, Kineret Rivka; Garrido Cortés, Daniel; Pontificia Universidad Católica de Chile. Escuela de Ingeniería
    Las enfermedades de inflamación intestinal, EII, son enfermedades crónicas multifactoriales con síntomas recurrentes que afectan en gran medida la calidad de vida de quienes la padecen. A pesar de no entenderse del todo las causas, se sabe que la disbiosis de la microbiota intestinal es parte de ellas. El butirato es uno de los metabolitos más importantes que aporta la microbiota al hospedero y se ha visto una correlación entre la diminución de su concentración con cuadros activos de inflamación intestinal en pacientes con EII. En el último tiempo, la construcción de biosensores y bioterapéuticos para diagnóstico y tratamiento de enfermedades, incluidas las EII, ha ido en aumento. La utilización de estos organismos genéticamente modificados trae muchos beneficios, como la disminución de la exposición sistémica del terapéutico, un mayor control y especificidad de la administración de la droga, la reducción de los efectos secundarios, entre otros. En este trabajo se construyó un circuito génico capaz de detectar la concentración de butirato para inducir la expresión del represor LacI, y este, a su vez, reprimir la producción de la proteína de interés. De esta forma se crearon dos biosensor capaces de expresar la proteína fluorescente sfGFP de manera inversamente proporcional a la concentración de butirato en un rango entre 30 y 90 mM del compuesto. El sistema presenta un coeficiente de Hill de 3.14 y una constante de disociación de 86.6 mM. También, se crearon dos bioterapéuticos capaces de expresar la citoquina factor estimulante de colonias de macrófagos y granulocitos, GM-CSF, bajo la misma lógica. Los bioterapéuticos presentan el comportamiento deseado durante las primeras 2 y 4 horas de crecimiento. Los resultados son promisorios, aunque el circuito debe ser modificado para poder ser usado en un contexto biológico y más pruebas son requeridas para perfeccionar el mecanismo de detección y respuesta.
  • Thumbnail Image
    Item
    Model structures for batch and fed-batch ethanol fermentations
    (IEEE, 2019) Serebrinsky Duek, Kineret Rivka; Hirmas Olivares, Belén Alejandra; Munizaga Morales, Javiera Marcela; Pedreros, Francisco
    Parameter estimation is one of the most challenging steps while modelling a biological process, due to the inherent complexity of this type of processes and the difficulty in obtaining reliable experimental data. A common modelling practice in this area is to use a batch culture to estimate model parameters and then use these values to simulate and optimize a fed-batch culture. Most of the times this approach is inadequate, resulting in unreliable model predictions. In this study, we analyzed and reparameterized batch and fed-batch kinetic models taken from the literature. A sensitivity analysis applied to the original models showed that most estimated parameters were unidentifiable, unsensitive and not significant for the data of different temperatures. Applying HIPPO, an automatized iterative reparameterization procedure coded in MATLAB, we searched for model structures, for both batch and fed-batch cultures, with identifiable, sensitive and significant estimated parameters. After the analysis of the models, we found a single model structure, suitable for both type of cultures, with two estimable parameters that showed a good fit at all temperatures. Nevertheless, a residual analysis showed that the parameters are positively correlated, indicating that apparently the model needs another degree of freedom.