Browsing by Author "Munita Robert, Roberto Andrés"

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    Estudio de la biogénesis y expresión de mirrorRNAs en el transcriptoma de mamíferos.
    (2014) Munita Robert, Roberto Andrés; Gysling Caselli, Katia; Pontificia Universidad Católica de Chile. Facultad de Ciencias Biológicas
    Con el advenimiento de nuevas tecnologías se ha descubierto la gran complejidad del transcriptoma de los mamíferos. Se ha reportado la existencia de un tipo especial de transcritos antisentido naturales (NATs), que son perfectamente complementarios a mRNAs sentido a lo largo de varios exones, incluyendo los sitios de unión entre exones. En esta tesis estos transcritos antisentido naturales son llamados mirrorRNAs. Hasta el momento aun existe controversia si los mirrorRNAs son RNAs no codificantes reales o artefactos experimentales. No se han hecho análisis sistemáticos que permitan conocer la abundancia y diversidad de los mirrorRNAs en el transcriptoma humano y tampoco se ha estudiado el mecanismo mediante el cual los mirrorRNAs son generados. En la literatura se han propuesto dos hipótesis para explicar su biogénesis. La primera hipótesis es que estos transcritos son generados por la transcripción bidireccional de un locus y que posteriormente los transcritos antisentido sufren splicing en los sitios no consenso CT-AC, que son los sitios complementarios a los sitios consenso GT-AG. La segunda hipótesis que se ha planteado es que los mirrorRNAs se producen por una actividad RNA polimerasa dependiente de RNA (RdRP) que utiliza como molde un mRNA maduro, generando un transcrito antisentido perfectamente complementario. En esta tesis planteamos una tercera hipótesis: Los mirrorRNAs provienen de la transcripción antisentido de pseudogenes procesados presentes en el genoma.
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    MicroExonator enables systematic discovery and quantification of microexons across mouse embryonic development
    (2021) Parada González, Guillermo Eduardo; Munita Robert, Roberto Andrés; Georgakopoulos-Soares, Ilias; Fernandes, Hugo J. R.; Kedlian, Veronika R.; Metzakopian, Emmanouil; Andrés Coke, María Estela; Miska, Eric A.; Hemberg, Martin
    Abstract Background Microexons, exons that are ≤ 30 nucleotides, are a highly conserved and dynamically regulated set of cassette exons. They have key roles in nervous system development and function, as evidenced by recent results demonstrating the impact of microexons on behaviour and cognition. However, microexons are often overlooked due to the difficulty of detecting them using standard RNA-seq aligners. Results Here, we present MicroExonator, a novel pipeline for reproducible de novo discovery and quantification of microexons. We process 289 RNA-seq datasets from eighteen mouse tissues corresponding to nine embryonic and postnatal stages, providing the most comprehensive survey of microexons available for mice. We detect 2984 microexons, 332 of which are differentially spliced throughout mouse embryonic brain development, including 29 that are not present in mouse transcript annotation databases. Unsupervised clustering of microexons based on their inclusion patterns segregates brain tissues by developmental time, and further analysis suggests a key function for microexons in axon growth and synapse formation. Finally, we analyse single-cell RNA-seq data from the mouse visual cortex, and for the first time, we report differential inclusion between neuronal subpopulations, suggesting that some microexons could be cell type-specific. Conclusions MicroExonator facilitates the investigation of microexons in transcriptome studies, particularly when analysing large volumes of data. As a proof of principle, we use MicroExonator to analyse a large collection of both mouse bulk and single-cell RNA-seq datasets. The analyses enabled the discovery of previously uncharacterized microexons, and our study provides a comprehensive microexon inclusion catalogue during mouse development.