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    Análisis del Haplotipo en portadores de la mutación 6857delAA en el gen BRCA2 en 4 familias con cáncer de mama u ovario hereditario
    (2004) Campos, Berta.; Álvarez Aguilera, Carolina Soledad.; Carvallo de Saint Quentin, Pilar
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    BRCA1 and BARD1 colocalize mainly in the cytoplasm of breast cancer tumors, and their isoforms show differential expression
    (2015) Wiener, David; Gajardo-Meneses, Patricia; Ortega-Hernandez, Victoria; Herrera-Cares, Cristobal; Diaz, Sebastian; Fernández, Wanda; Cornejo, Valeria; Gamboa, Jorge; Carvallo de Saint Quentin, Pilar; Álvarez Aguilera, Carolina Soledad; Tapia, Teresa
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    Cáncer colorrectal hereditario: análisis molecular de los genes APC y MLH1
    (2006) Bellolio R., Felipe; Carvallo de Saint Quentin, Pilar; Lopez Kostner, Luis Francisco
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    Control of Human Luteal Steroidogenesis
    (2002) Devoto, L.; Carvallo de Saint Quentin, Pilar
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    Different Array CGH profiles within hereditary breast cancer tumors associated to BRCA1 expression and overall survival
    (2016) Álvarez Aguilera, Carolina Soledad.; Tapia Espinoza, Teresa Marloren; Solís, Luisa.; Corvalán R., Alejandro; Camus Appuhn, Mauricio Gonzalo; Carvallo de Saint Quentin, Pilar; Aravena, Andrés.; Rozenblum, Ester.; Álvarez, Manuel.; Munroe, David.; Maass, Alejandro.
    Abstract Background Array CGH analysis of breast tumors has contributed to the identification of different genomic profiles in these tumors. Loss of DNA repair by BRCA1 functional deficiency in breast cancer has been proposed as a relevant contribution to breast cancer progression for tumors with no germline mutation. Identifying the genomic alterations taking place in BRCA1 not expressing tumors will lead us to a better understanding of the cellular functions affected in this heterogeneous disease. Moreover, specific genomic alterations may contribute to the identification of potential therapeutic targets and offer a more personalized treatment to breast cancer patients. Methods Forty seven tumors from hereditary breast cancer cases, previously analyzed for BRCA1 expression, and screened for germline BRCA1 and 2 mutations, were analyzed by Array based Comparative Genomic Hybridization (aCGH) using Agilent 4x44K arrays. Overall survival was established for tumors in different clusters using Log-rank (Mantel-Cox) Test. Gene lists obtained from aCGH analysis were analyzed for Gene Ontology enrichment using GOrilla and DAVID tools. Results Genomic profiling of the tumors showed specific alterations associated to BRCA1 or 2 mutation status, and BRCA1 expression in the tumors, affecting relevant cellular processes. Similar cellular functions were found affected in BRCA1 not expressing and BRCA1 or 2 mutated tumors. Hierarchical clustering classified hereditary breast tumors in four major, groups according to the type and amount of genomic alterations, showing one group with a significantly poor overall survival (p = 0.0221). Within this cluster, deletion of PLEKHO1, GDF11, DARC, DAG1 and CD63 may be associated to the worse outcome of the patients. Conclusions These results support the fact that BRCA1 lack of expression in tumors should be used as a marker for BRCAness and to select these patients for synthetic lethality approaches such as treatment with PARP inhibitors. In addition, the identification of specific alterations in breast tumors associated with poor survival, immune response or with a BRCAness phenotype will allow the use of a more personalized treatment in these patients.
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    EGFR pathway subgroups in Chilean colorectal cancer patients, detected by mutational and expression profiles, associated to different clinicopathological features
    (2017) Alvarez, Karin; Orellana, Paulina; Villarroel, Cynthia; Contreras, Luis; Kawachi, Hiroshi; Kobayashi, Maki; Wielandt, Ana María; De la Fuente, Marjorie; Triviño, Juan Carlos; Carvallo de Saint Quentin, Pilar; Kronberg, Udo; López-Köstner, Francisco
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    Estudio Clinico-Genético Molecular de la Fribrosis Quística en la V Región, Chile.
    (2002) Molina, G.; Carvallo de Saint Quentin, Pilar
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    Ganancias y pérdidas genómicas en tumores de cáncer de mama con fenotipo triple negativo y pérdida de expresión de BRCA1
    (2016) Tapia Espinoza, Teresa Marloren; Carvallo de Saint Quentin, Pilar; Pontificia Universidad Católica de Chile. Facultad de Ciencias Biológicas
    El cáncer de mama triple negativo (TNBC) definido por la ausencia de expresión del receptor de estrógeno, del receptor de progesterona y del receptor 2 del factor de crecimiento epidermal (HER2), representa un grupo agresivo, para el cual no existe hasta ahora una terapia dirigida. Los tumores TNBC frecuentemente se observan en mujeres portadoras de mutación en el gen BRCA1 en la línea germinal y en aproximadamente el 30% de las mujeres no portadoras de mutación, cuyos tumores presentan pérdida de expresión de la proteína BRCA1, sugiriendo que BRCA1 puede ser relevante en el desarrollo de los tumores TNBC. Además, aproximadamente un 70% de los tumores TNBC se agrupan en el subtipo molecular “tipo Basal”, constituyendo un subgrupo que comparte un perfil de expresión génica similar, con una respuesta clínica diferente. Conocer los genes involucrados en la biología de este tipo de cáncer de mama es relevante para su tratamiento. A este respecto, entre las alteraciones observadas con mayor frecuencia en cáncer encontramos deleciones cromosómicas, conteniendo genes supresores de tumor, y ganancias o amplificaciones involucrando oncogenes. Por lo tanto, identificar regiones genómicas afectadas en su número de copias permite identificar genes o vías de señalización, que pueden corresponder a potenciales blancos de terapia para el tratamiento de estos pacientes.Dado estos antecedentes, se propuso que los tumores de cáncer de mama triple negativo de “tipo Basal” con pérdida de expresión de la proteína BRCA1, comparten un patrón similar de ganancias y deleciones genómicas. Se estudiaron 48 tumores TNBC por inmunohistoquímica para evaluar la expresión de las citoqueratinas CK5 y CK14, EGFR y la proteína BRCA1. Para definir el subgrupo “TNBC/tipo Basal” se usó la expresión de las citoqueratinas y EGFR. Además, mediante la técnica de hibridación genómica comparativa en microarreglos de DNA (array-CGH) se identificaron las regiones genómicas de ganancias y deleciones comunes entre los casos TNBC. El análisis de la expresión de las citoqueratinas (CK5 y CK14) y EGFR reveló que un 77% (37/48) de los tumores TNBC se clasifican en el subtipo “tipo Basal”, principalmente definidos por la expresión de la CK5. Por otra parte, la evaluación de la inmunotinción de BRCA1 en los casos TNBC, mostraron intensidades de tinción variables en el núcleo y expresión en el citoplasma de las células tumorales. A diferencia de los tejidos de mama normal, cuya expresión fue observada en el núcleo de las células epiteliales que forman los ductos y lóbulos. A este respecto, la expresión predominantemente nuclear de BRCA1 se condice con su participación en la reparación del DNA por quiebre en la doble hebra, por lo tanto, su expresión en esta ubicación celular es requerida para su normal funcionamiento. Entonces, debido a los diferentes patrones de expresión y localización de BRCA1 y con el fin de separar los tumores TNBC con ausente o reducida expresión nuclear de BRCA1 que den cuenta de una pérdida de función de BRCA1, los tumores TNBC fueron clasificados en tres subgrupos.Por consiguiente, un 20,8% (10/48) de los tumores TNBC mostraron expresión solo nuclear, con intensidades de tinción similares a los tejidos de mama normal. Un segundo subgrupo se conformó por un 47,9% (23/48) de los casos que revelaron expresión citoplasmática de BRCA1 con o sin expresión nuclear. Finalmente, un 31,3% (15/48) de los tumores TNBC mostraron ausente o reducida expresión de la proteína BRCA1 en el núcleo, sin expresión citoplasmática. Este último subgrupo, principalmente “TNBC/tipo Basal” representan el grupo central de la hipótesis propuesta en este estudio y fue denominado “TNBC/tipo Basal con pérdida de expresión nuclear de BRCA1”. Estos resultados sugieren que la pérdida de expresión de BRCA1 o su alterada localización pueden ser relevantes para la progresión del tumor TNBC. El análisis del genoma de los tumores TNBC por array-CGH reveló diferentes alteraciones genómicas recurrentes entre ellos, siendo más frecuente las regiones genómicas de ganancia. El perfil de cambios en el número de copias del DNA fue similar entre los diferentes subgrupos de tumores agrupados por la expresión y localización de BRCA1. Sin embargo, el subgrupo con expresión citoplasmática de BRCA1, reveló una baja frecuencia de cambios en el número de copias del DNA entre ellos, en comparación con los otros dos subgrupos de tumores. Más aún, alteraciones genómicas significativamente diferentes entre los tres subgrupos de tumores con diferente expresión/localización de BRCA1 fueron identificadas. Por su parte, el agrupamiento jerárquico no supervisado basado en 7.293 genes comprendidos en las regiones genómicas de ganancia y deleción de los tumores TNBC mostró una clara separación de los tumores con expresión nuclear/citoplasmática de BRCA1 de los otros dos subgrupos de tumores.A este respecto, se encontró que el 70% (16/23) de los tumores con expresión nuclear y citoplasmática de BRCA1 se agruparon en la rama con un bajo número de genes con alteración en su número de copias. En cambio, la rama con mayor número de genes con alteración genómica concentró un 82% de los casos con expresión nuclear y un 73% de los tumores “TNBC/tipo Basal con pérdida de expresión nuclear de BRCA1”. Sin embargo, para estos dos subgrupos de tumores TNBC se identificaron regiones genómicas de ganancia y deleción estadísticamente significativas. El análisis de la ontología de los genes contenidos en las regiones genómicas de ganancia y deleción reveló procesos biológicos y vías de señalización específicas afectadas en los subgrupos de tumores TNBC agrupados por la expresión y localización de BRCA1.Tumores con “expresión nuclear de BRCA1”, mostraron ganancia de una región genómica que contiene mTOR, un blanco de terapia de la vía de señalización PI3K/AKT/mTOR. Por su parte, los tumores con “TNBC/tipo Basal con pérdida de expresión nuclear de BRCA1” mostraron regiones de ganancia genómica que contienen genes involucrados en la transducción de la proteína RAS. Así se identificó RASGRP1 que activa la proteína RAS, revelando que esta vía de señalización puede ser relevante en el tratamiento de paciente con deficiencia de BRCA1. Los resultados sugieren que el análisis de la expresión de la proteína BRCA1, particularmente en el núcleo, permite separar los tumores TNBC en dos subgrupos, dado que específicas alteraciones genómicas revelan una progresión diferente de estos tumores. Además, los tumores “TNBC/tipo Basal con pérdida de expresión de BRCA1” con alta inestabilidad genómica y un patrón similar de ganancias y pérdidas genómicas sugiere que pueden ser seleccionados para el tratamiento con inhibidores de PARP1 y pueden tener una mayor sensibilidad al tratamiento con drogas que inducen daño, tales como las drogas de platino.
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    Genomic rearrangements of the BRCA1 gene in Chilean breast cancer families: an MLPA analysis
    (2011) Sanchez, A.; Faundez, Paola.; Carvallo de Saint Quentin, Pilar
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    Germline Mutations in PALB2 , BRCA1 , and RAD51C , Which Regulate DNA Recombination Repair, in Patients With Gastric Cancer
    (2017) Corvalán R., Alejandro; Norero Muñoz, Enrique; Álvarez Aguilera, Carolina Soledad; Tapia Espinoza, Teresa Marloren; Carvallo de Saint Quentin, Pilar; Sahasrabudhe, R.; Lott, P.; Bohorquez, M.; Toal, T.; Estrada, A.; Suarez, J.; Brea, A.; Cameselle, J.; Pinto, C.; Ramos, I.; Mantilla, A.; Prieto, R.
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    Haplotype analysis of the internationally distributed BRCA1 c.3331_3334delCAAG founder mutation reveals a common ancestral origin in Iberia
    (2020) Tuazon, Anna Marie de Asis; Álvarez Aguilera, Carolina Soledad; Tapia Espinoza, Teresa Marloren; Carvallo de Saint Quentin, Pilar; Lott, Paul; Bohórquez, Mabel; Benavides, Jennyfer; Ramírez, Carolina; Criollo, Ángel; Estrada Florez, Ana
    Abstract Background The BRCA1 c.3331_3334delCAAG founder mutation has been reported in hereditary breast and ovarian cancer families from multiple Hispanic groups. We aimed to evaluate BRCA1 c.3331_3334delCAAG haplotype diversity in cases of European, African, and Latin American ancestry. Methods BC mutation carrier cases from Colombia (n = 32), Spain (n = 13), Portugal (n = 2), Chile (n = 10), Africa (n = 1), and Brazil (n = 2) were genotyped with the genome-wide single nucleotide polymorphism (SNP) arrays to evaluate haplotype diversity around BRCA1 c.3331_3334delCAAG. Additional Portuguese (n = 13) and Brazilian (n = 18) BC mutation carriers were genotyped for 15 informative SNPs surrounding BRCA1. Data were phased using SHAPEIT2, and identical by descent regions were determined using BEAGLE and GERMLINE. DMLE+ was used to date the mutation in Colombia and Iberia. Results The haplotype reconstruction revealed a shared 264.4-kb region among carriers from all six countries. The estimated mutation age was ~ 100 generations in Iberia and that it was introduced to South America early during the European colonization period. Conclusions Our results suggest that this mutation originated in Iberia and later introduced to Colombia and South America at the time of Spanish colonization during the early 1500s. We also found that the Colombian mutation carriers had higher European ancestry, at the BRCA1 gene harboring chromosome 17, than controls, which further supported the European origin of the mutation. Understanding founder mutations in diverse populations has implications in implementing cost-effective, ancestry-informed screening.
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    Homozygous germline mutation in MUTYH gene in familial adenomatous polyposis
    (2012) Alvarez Valenzuela, Karin Pamela.; Orellana Silva, Paulina Andrea.; Carvallo de Saint Quentin, Pilar
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    Is Single-Strand Conformation Polymorphism Analysis of the Full 5 ' Untranslated Region an Adequate Approach To Study Hepatitis C Virus Quasispecies Distribution?
    (2009) Vera-Otarola, J.; León, Úrsula; Carvallo de Saint Quentin, Pilar; Soza, Alejandro; López Lastra, Marcelo Andrés
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    Isolated Growth Hormone Deficiency in Chilean Patients: Clinical and Molecular Analysis
    (2003) Molina, G.; Carvallo de Saint Quentin, Pilar
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    Large deletions and splicing-site mutations inthe STK11 gene in Peutz-Jeghers Chilean families
    (2013) Orellana, P.; Carvallo de Saint Quentin, Pilar